Das Mittelalter
Der Grundstein der Basilika wurde vor dem Jahr 1180 gelegt. Ihr Bau ist mit der Ansiedlung von westlichen Siedlern (die späteren Siebenbürgern Sachsen) durch den ungarischen König Geysa verknüpft. Sie hatten die Aufgabe die südliche Grenze des Reiches zu verteidigen, sowie das Land wirtschaftlich zu entwickeln. Der Ort, wo sich heute das Dorf Michelsberg/Cisnadioara befindet, gehörte in jenen Zeiten der Hermannstädter (katholischen) Probstei des Heiligen Ladislaus. Dieser ist der Bau zuzuschreiben. Im Jahre 1204 übernahm König Andreas II. die Örtlichkeit samt Kirche, im Tausch mit den Ländereien auf denen heute das Dorf Probstdorf (Stejarisu) steht. Anschließen übertrug der König die Kirche dem wallonischen Geistlichen Magister Goccelinus, der den Ort bis 1223 verwalten wird. Seinerseits stiftete dieser die Basilika dem Zisterzienserorden, welche ihr Kloster in Kerz am Alt hatten. Diese entdeckten die besondere Spiritualität des Ortes und entwickelten die Kirche zu einer Wallfahrtskirche. Ab nun erhielt jeder, der an den Messen teilnahm Ablaß für seine Sünden. Die Zisterzienser schmückten die Kirche mit Ornamentik im Stile der westungarischen Steinmetzen (Westportal) aus. In dieser Zeit entstand auch das Dorf am Fuße des Michaelsberges, dessen sächsische Bewohner nicht frei, sondern Hörige des Klosters Kerz waren. Diese bauten sich ihre eigene KIrche im Tal. Die Ringmauern wurden vor dem Einfall der Mongolen unter Batu Chan, 1241, errichtet, der ganz Europa mit Feuer überzogen hatten. Das war auch der Grund, weswegen die Basilika nicht gemäß der ursprünglichen Vision vollendet werden konnte. Auf den zweiten Turm würde verzichtet. Der Berg wurde anstattdessen wehrhaft gemacht. Im ganzen XV. Jahrhundert war die Burg und der Hattert zwischen Heltau und Michelsberg Grund vieler Streitigkeiten zwischen den Orten und Pfarreien, da das Lesen von Messen in der Wallfahrtskirche ein gute Quelle von Einnahmen war. Mit Auflösung des Klosters Kerz durch den ungarischen König Matthias Corvinus fiel die Kirchenburg an die Hermannstädter Stadtkirche der Heiligen Maria, aber die Streitigkeiten um die Nutzung ging weiter. Es kam sogar zu blutigen Auseinandersetzungen. 1511 entschied Papst Julius II selbst durch die Heilige Kurie zu Gunsten von Heltau. Es war auch eine Zeit der heftigen ottomanischen Angriffe. 1493 wurde ganz Michelsberg verbrannt und viele seiner Bewohner verschleppt und versklavt.
Die Moderne
Unter Führung des Humanisten Johannes Honterus wurden die Siebenbürger Sachsen ab 1550 lutherisch. Die Basilika verlohr dadurch ihren Wert als Einkommensquelle, da niemand mehr Wallfahrten machte. Die nun evangelischen Gottesdienste wurden lediglich in der Dorfkirche, im Tal gefeiert. Die Burg blieb weiterhin wichtig, als Rückzugsort im Falle der sporadischen ottomanischen Einfälle. Danach folgten die Kurrutzen, dann die Kriegsparteien des Jahres 1848. Das Gebäude der Basilika wurde nunmehr als Lagerraum für Getreide oder für die Truhen der Dorfbewohner verwendet. Zeitweilig war es Waffenkammer aber auch Gefängnis. Irgenwann blieb das Gebäude ohne Dach. Die Fresken, welche das Innere schmückten, verwitterten. Ab und an wurden noch Erhaltungsarbeiten durchgeführt.
Im 19. Jahrhundert veränderte sich die Situation. Michelsberg wurde zu einem Erholungsort der Hermannstädter Bürger. Hier aber wirkten Emil Sigerus und die Mitglieder des Vereines "Sebastian Hann", welcher sich dem Erhalt der historischen Denkmäler und Traditionen verschrieben hatte. Für Michelsberg trugen die Bemühungen Früchte, Das Dach der Basilika wurde wieder hergestellt sowie weitere Erhaltungsarbeiten und Säuberungen durchgeführt. Jahre später, 1942, wurden dann in die Burg die Überreste der 1916 in der Schlacht von Hermannstadt gefallenen österreich-ungarischen und bayerischen Soldaten überführt. Diese wurden aus der ganzen Region, vom Hammersdorfer Berg, aus Heltau, Talmesch und Hermannstadt gebracht. Gedenketafeln wurden im Chorraum angebracht. Damit war der Ort nun Gedenkstätte. Nach 1944 ist das Ensemble anachronisch geworden, blieb aber über die Jahre - zusammen mit dem Steintisch - als ein Zeugnis von vergangener Zeit.
Die Gegenwart
Im Jahre 1963 steigt der letzte Burgwächter - welcher dauernd oben gelebt hatte - samt seinem Vieh ab in das Tal. Damit geht eine Epoche zu Ende. Ab nun steigen nur noch interessierte Kulturtouristen auf, um ein Stück Geschichte zu erleben, sowie ab und an Dorfbewohner, um eine Gemeindefest zu feiern. Da sich die Burg mit ihrer Basilika im Besitz der Stadt Heltau befindet, übernimmt selbst in kommunistischer Zeit der Staat die Erhaltungsaufgabe und führt auch eine größere Restaurierungsarbeit durch. Die Motivation dafür kommt von auslänidschen, diplomatischen Besuchen, die sich für das sächsische Kulturgut interessieren.
Im Jahre 1990 verlassen die meisten, sächsischen Bewohner Michelsbergs den Ort um nach Deutschland auszuwandern. Die Burg wird nun in anderer Weise verlassen. Aber nun entdecken Akteure des Kulturlebens die Örtlichkeit und "adoptieren" diese für ihre Projekte. So ziehen etwa das Hermannstädter internationale Theaterfestival oder das Siebenbürgische Filmfestival hier punktuell ein.
Die Kirchenburg befindet sich gegenwärtig in Verwaltung des Evangelischen Pfarramts A.B. Michelsberg, welche diese in unterschiedliche touristische Routen eingebunden hat. So übersteigt heute die Zahl der Besucher die Marke 20.000. Die Basilika, als älteste originale romanische Basilika Rumäniens, erscheint in jedem Reiseführer.