Istoria medievală

Piatra de temelie a bazilicii a fost pusă înaintea anului 1180. Construirea este legată de venirea coloniștilor apuseni chemați de către regele maghiar Geza în Transilvania  (denumiți ulteriori ”Sași”) Ei  au avut datoria de a apăra frontiera sudică ale regatului și de a dezvolta economic regiunea. Vatra unde este azi satul Cisnădioara/ Michelsberg a aparținut în acel timp prepoziturii (catolice) Sf. Ladsilau din Sibiu. Ea trebuie considerată ctitorul bisericii Sf. Mihail. În 1204 regele Andrei al II-lea a preluat la schimb zona și bazilica, cedând prepoziturii ținutul unde astăzi este satul Stejariș (Probstdorf). Ulterior regele a transferat proprietatea clericului walon Magister Goccelinus, care va fi în posesia loculului pâna în 1223. La rândul său Goccelinus a donat bazilica ordinului călugărilor Cistercieni, care își aveau abația pe Olt, la Cârta (Kerz). Aceștia au descoperit spiritualitatea deosebită a locului și au dezvoltat biserica într-un loc de pelerinaj. De acum cei care participau la slujbe, obțineau iertarea păcatelor. Cistercienii au împodobit biserica (portalul de vest) cu ornamente sculptate în stilul constructorilor din vestul Ungariei. Între timp a apărut și satul de la poalele dealului Sf. Mihail, Cisnădioara. Locuitorii  (sași) nu erau liberi, ci iobagi ai abației Cârța. Ei își vor construi o biserică proprie în vale. Zidurile de incintă au fost ridicate înainte de invazia mongolă a lui Batu Chan din 1241, când aceștia au ars toată Europa, ducând locuitorii în sclavie. Din această cauză bazilica nu a putut fi finalizată conform viziunii inițiale, renunțându-se la al doilea turn. In schimb cetatea a fost dotată cu tehnică de luptă. În tot sec. XV, bazilica și cetatea, precum și toată mejdina dintre Cisnădie și Cisnădioara au fost subiectul multor procese între cele două localități și parohii (catolice), deoarece dreptul de slujire în biserica de pelerinaj era o sursă foarte bună de venit. În 1474, odată cu desființarea abației Cârța de către regale maghiar Matei Corvin, biserica fortificată de pe dealul Sf. Mihail devine proprietatea Bisericii Sf. Maria din Sibiu, dar procesele pentru dreptul folosiință au continuat. S-a ajuns chiar la dispute sângeroase. In 1511 însuși Papa Iuliu al II-lea a intervenit prin Curie în conflict, tranșându-l în favoarea celor din Cisnădie. A fost însă și perioada de vârf a atacurilor otomane. În 1493 Cisnădioara a fost pârjolită, și mulți localnici duși în robie.

Istoria modernă

Sub îndrumarea umanistului Johannes Honterus sașii au trecut în 1550 de la credința catolică la cea lutherană. Astfel bazilica nu a mai avut importanță ca sursă de venit. Pelerinajele s-au sistat. Slujbele, de acum evanghelice, se țineau doar în biserică din vale. Doar cetatea a rămas importantă ca refugiu în timpul raidurile sporadice ale otomanilor; Apoi a curuților sau a beligeranților de la 1848. Clădirea bazilicii desacralizate a fost folosită ca spațiu de depozitare pentru grâne sau pentru lăzile de avere ale sătenilor. Ea a fost  totodată și arsenal și închisoare. Biserica a rămas o perioadă chiar și fără acoperiș, frescele, care împodobeau pereții dispar.  Din când în când au mai fost făcute lucrări de întreținere. Dar începînd din secolul XIX situația s-a schimbat. Cisnădioara a devenit loc de vilegiatură pentru cetățenii Sibiului, printre care și Emil Sigerus. Acesta împreună cu confrații săi erau organizați în asocialția ”Sebastian Hann” și militau pentru păstrarea vestigilor și tradițiilor istorice.  Ideile au dat roade și la Cisnădioara. Acoperișul bazilicii este repus, cetatea curățată și asigurată.

Mai târziu, în 1942, în cetate au fost strămutate de pe Dealul Gușteriței, din Cisnădie, Tălmaciu și Sibiu osemintele militarilor austro-ungari și bavarezi, care au murit în septembrie 1916 în luptele pentru apărarea Sibiului. Plăcile funerare au fost amplasate în apsidă, transformând cetatea într-un loc de comemorare. După 1944 plăcile au devenit anacronice, dar ele au rămas în continuare împreună cu masa de piatră, ca martori ai epocii respective.

Contemporaneitate

În 1963 ultimul paznic care locuia permanent în cetate își părăsește domiciliul, coborând cu vitele sale în vale. Se termină o epocă. De acum urcă numai turiștii curioși și unerori localnicii pentru o serbare câmpenească Cetatea fiind în patrimoniul orașului, statul se implică chiar și în perioda comunistă în întreținere și într-o restaurare mai amplă Motivația o aduc vizitele diplomatice a unori oameni de stat europeni. 
În 1990 majoritatea locuitorilor sași părăsesc Cisnădioara pentru a pleca in Germania. Iarăși cetatea este abandonată. Dar factori culturali, precum Festivalul International de Teatru Sibiu sau Festivalul de Film Transilvania descoperă deacum locația și o adoptă ca ambianță. Biserica fortificată se află azi în administrarea Bisericii Evanghelice C.A. din Cisnădioara, care a întrodus-o în diverse circuite turistice. Astfel numărul vizitatorilor a depășit 20.000. Bazilica apare ca recomandare în toate ghidurile turistice.